Bei der Signierung eines Dokumentes unterscheidet man zwischen File-Signierung und Content-Signierung. Die File-Signierung läuft recht unproblematisch ab, da die komplette Datei zur Erstellung eines Hashwertes genutzt wird. Demgegenüber ist es deutlich schwieriger, eine Content-Signierung durchzuführen, in der nur der Inhalt des Dokumentes verschlüsselt werden soll (z.B. müssen bei Word-Dokumenten Kopf- und Fußzeilen mit einbezogen werden).

Ein weiteres Problem stellen Verweise innerhalb des Dokumentes dar, denn der Empfänger kann nicht entscheiden, ob es sich um externe Links handelt oder in das Dokument integrierte Verweise.

Dokumente, Anwendungsprogramme und Formate, die häufig mit einer digitalen Signatur versehen werden, sind MS-Office, TIFF, XML, PDF und E-Mails.